Да, сайты соответствующие СДЛ ("сайты для людей") не должны бояться этих фильтров, либо быть не настолько жадными, чтобы не попасть под Яндекс-блокировку. Гугл в этом плане более лоялен.
Минимальные действия по настройке сайта Kooboo:
1) Правильно прописать Title и Description в настройках сайта, а также при создании страниц указываем ключевые слова.
2) Использовать "дружественные" URL. Kooboo в этом плане очень помогает, но не стоит забывать про то, что при создании элементов контента Kooboo может сгенерировать ключи на русском языке и такой кириллистический ключ может попасть в URL, что не очень хорошо. Подробнее
здесь.
3) Настройка robots.txt и sitemap. Можно sitemap делать вручную или настроить в Kooboo
автоматическую генерацию.