Версии хранятся в папке "\Cms_Data\Versions"
Тоже задавала разработчикам этот вопрос, ответ - только ручное удаление файлов. Хотя спрашивала я это полгода назад... надо бы поискать в последней версии, может что-нибудь добавили удобное для этой процедуры...